اعدام زندانیان عقیدتی-سیاسی در دهه خونین شصت و خاصه کشتار خونین تابستان ۱۳۶۷  یک واقعه تلخی در حافظه تاریخی کشورمان است  که طی آن به فرمان خمینی، امام مرگ آفرین چند هزار نفر از زندانیان سیاسی و عقیدتی در زندان‌های نظام جمهوری اسلامی در ماه‌های مرداد و شهریور ۱۳۶۷ به شکلی مخفیانه اعدام و در گورهای دسته‌جمعی در خاورانهای سراسر کشور شبانه و دزدانه دفن شدند. نهادها و سازمان‌های مدافع حقوق بشر جرم زندانیان را همکاری با سازمان‌های مخالف نظام به خصوص سازمان مجاهدین خلق ایران و همچنین طیف‌های مختلفی از گروه‌های چپ، کمونیست و مارکسیست ذکر کرده‌اند. اما مقامات جمهوری اسلامی اعدام آن‌ها را به خاطر دلایلی همچون کشف تشکیلات مرتبط با سازمان مجاهدین خلق در زندان، نتیجه ادامه محاکمه بخاطر ترور مقامات جمهوری اسلامی توسط آن‌ها ذکر کرده‌اند. تعداد جانفشانان این واقعه نزد مراجع مختلف متفاوت است و تا کنون تعداد 4482 نفر با اسم شناسایی شده اند ولی همچنان می تواند آمار بیش از این باشد.

تا مدت های زیادی تمام مقامات جمهوری اسلامی در این رابطه سکوت اختیار کرده اند ، اما با افشاگری و فشار سازمانهای مختلف و جان به در بردگان از این کشتارها نهایتا مقامات ارشد نظام جمهوری اسلامی وادار به قبول انجام این اعدام ها شدند، ولی در قریب به اتفاق موارد از آن دفاع کرده‌اند و آن اعدام‌ها را برای حفظ نظام، لازم و ضروری شمرده‌اند.

فرمان روح‌الله خمینی

استفسار و پاسخ روح‌الله خمینی
به دنبال حمله نیروهای سازمان مجاهدین با حمایت ارتش عراق در غرب ایران در تاریخ۴ مرداد ماه ۱۳۶۷ و به فاصله شش روز بعد از قطعنامه ۵۹۸ شورای امنیت که به نام عملیات عملیات مرصاد نامگذاری شد. روح‌الله خمینی رهبر انقلاب طی حکمی افرادی را مأمور کرد تا با بررسی مجدد پرونده زندانیان سیاسی افرادی را که همچنان بر سر موضع خود مشخص و دربارهٔ آنان با توجه به اینکه ظن شورش در زندان برایشان متصور بود صادر کنند. که متن نامه‌ها در خاطرات حسینعلی منتظری که در آن زمان از مقامات رده بالای جمهوری اسلامی و قائم مقام رهبری بوده‌است، و با اعدام‌ها مخالف بوده‌است، وجود دارند.

خمینی آن‌ها را «محارب» اعلام می‌کند و چنین حکم می‌دهد:

«از آنجا که منافقین خائن به هیچ وجه به اسلام معتقد نبوده و هر چه می‌گویند از روی حیله و نفاق آنهاست و به اقرار سران آن‌ها از اسلام ارتداد پیدا کرده‌اند، با توجه به محارب بودن آن‌ها و جنگ کلاسیک آن‌ها در شمال و غرب و جنوب کشور با همکاری‌های حزب بعث عراق و نیز جاسوسی آن‌ها برای صدام علیه ملت مسلمان ما و با توجه به ارتباط آنان با استکبار جهانی و ضربات ناجوانمردانهٔ آنان از ابتدای تشکیل نظام جمهوری اسلامی تا کنون، کسانی که در زندان‌های سراسر کشور بر سر موضع نفاق خود پافشاری کرده و می‌کنند، محارب و محکوم به اعدام می‌باشند و تشخیص موضوع نیز در تهران با رای اکثریت آقایان حجت‌الاسلام نیری دامت افاضاته (قاضی شرع) و جناب آقای اشراقی (دادستان تهران) و نماینده‌ای از وزارت اطلاعات می‌باشد، اگر چه احتیاط در اجماع است، و همین‌طور در زندانهای مراکز استان کشور رای اکثریت آقایان قاضی شرع، دادستان انقلاب یا دادیار و نماینده وزارت اطلاعات لازم الاتباع می‌باشد، رحم بر محاربان ساده‌اندیشی است، قاطعیت اسلام در برابر دشمنان خدا از اصول تردیدناپذیر نظام اسلامی است، امیدوارم با خشم و کینه انقلابی خود نسبت به دشمنان اسلام رضایت خداوند متعال را جلب نمایید، آقایانی که تشخیص موضوع به عهده آنان است وسوسه و شک و تردید نکنند و سعی کنند اشداء علی الکفار باشند. تردید در مسائل قضایی اسلام انقلابی نادیده گرفتن خون پاک و مطهر شهدا می‌باشد. والسلام»

سید احمد خمینی که در آن زمان رئیس وقت دفتر خمینی بود در نامه‌ای در مورد جزئیات این اعدام‌ها می‌پرسد و تأکید می‌کند آیا این حکم شامل کسانی که محاکمه شده‌اند و دوران زندان‌شان به زودی تمام می‌شود هم هست یا نه؟ و در مورد محکومان از شهرستان‌هایی که استقلال قضایی هم دارند چطور؟ پاسخ سید روح‌الله خمینی بدین‌گونه است که:

بسمه تعالی در تمام موارد فوق هر کس در هر مرحله اگر بر سر نفاق باشد حکمش اعدام است. سریعاً دشمنان اسلام را نابود کنید. در صورت رسیدگی به وضع پرونده‌ها در هر صورت که حکم سریعتر اجرا گردد همان مورد نظر است.

اعلام عمومی دستور اعدام
هاشمی رفسنجانی در خاطرات خود می‌نویسد «با آقای موسوی اردبیلی دربارهٔ مطالب خطبه‌های جمعه (۱۴ مرداد) مذاکره کردیم.» در این روز (یک هفته بعد از شروع اعدام‌ها) موسوی اردبیلی در نماز جمعه گفت: «جمع کثیری از ایران رفته‌اند و آنجا[عراق] برای خودشان بساط و دستگاه و سازمان درست کرده‌اند. یک جمعی هم در ایران در زندان‌ها هستند… مردم علیه اینها آن چنان آتشی هستند، قوه قضایی در فشار بسیار سخت افکار عمومی است که چرا اینها را محاکمه می‌کنید؟ اینها که محاکمه ندارند، حکمش معلوم، موضوعش هم معلوم است و جزایش نیز معلوم می‌باشد. قوه قضایی در فشار است که اینها چرا محاکمه می‌شوند، قوه قضایی در فشار است که چرا تمام اینها اعدام نمی‌شوند و یک دسته‌شان زندانی می‌شوند (شعار: «منافق زندانی اعدام باید گردد» از سوی نمازگزاران)»

اعتراضات از درون حکومت ایران
خمینی را در آینده، خونریز، سفاک و فتاک لقب خواهند داد.»
حسینعلی منتظری، در جلسه خصوصی با حسین‌علی نیری، مصطفی پورمحمدی، سید ابراهیم رئیسی و مرتضی اشراقی به تاریخ ۲۴ مرداد ۱۳۶۷.